COVID-19 et Prevotella : l’intelligence collective a-t-elle résolu l’énigme du coronavirus ?

De nombreuses zones d’ombre subsistent concernant l’origine et la nature du nouveau coronavirus. Ces caractéristiques encore inexpliquées déchaînent les passions, et une hypothèse originale gagne en popularité, jusqu’à devenir virale sur les réseaux sociaux. Problème : elle a été formulée par deux anonymes, un professeur de SVT français, et un chercheur indien spécialiste de la biologie numérique. Selon eux, le Covid-19 serait un virus bactériophage se servant de la bactérie Prevotella (qui fait partie de la flore bactérienne intestinale) comme cheval de Troie pour attaquer l'organisme. Une théorie controversée car elle ne repose sur aucune publication scientifique "sérieuse". Même si elle n’est pas vérifiée, elle montre tout de même l’intérêt de la science participative, qui permet à des non-chercheurs de soulever des questions pertinentes. Car il est aujourd’hui admis que le microbiote intestinal et pulmonaire et les bactéries qui les composent ont une importance cruciale dans notre réponse immunitaire et le comportement des virus (1,2).

“Bio Moon” et Chakraborty, deux anonymes à la source de la théorie
Un des aspects surprenant de la théorie “COVID19-Prevotella”, détaillé dans un article de Igaal Hanouna (3), est qu’elle a été “découverte” de manière indépendante par deux anonymes qui ne sont pas chercheurs en médecine. D’un côté, Sandeep Chakraborty, scientifique et chercheur indien travaillant à l’Université de Californie (UC Davis), spécialisé en biologie numérique ou biologie computationnelle (Computational biology). De l’autre, un internaute français qui se dit professeur de SVT sur Twitter, uniquement connu par son pseudonyme “Bio Moon”(4).
Sandeep Chakraborty n’est pas médecin, mais il est expert de l’analyse informatique de nombreuses études scientifiques, qu’il compare et décrypte, pour trouver des conclusions qui auraient pu échapper aux auteurs des études. C’est grâce à cette méthode, en procédant par induction, qu’il identifie dans plusieurs études chinoises la présence de la bactérie Prevotella dans des proportions anormales pour les cas de Coronavirus début février.
De son côté, Bio Moon procède par déduction. S’il est tout à fait normal de se montrer sceptique face aux recherches d’un simple professeur, il faut tout de même reconnaître le sérieux de son travail, très documenté. Il s’intéresse aux symptômes de la maladie et aux caractéristiques des victimes du virus, pour tenter de trouver un facteur commun les expliquant. Après des semaines de recherches acharnées sur Internet, il va arriver à la même conclusion que Chakraborty: la bactérie Prevotella semble impliquée dans la maladie.

La théorie “COVID19-Prevotella” permet d’expliquer plusieurs mystères de l’épidémie

Selon leur théorie, une fois présent dans le corps humain, le Covid-19 infecte la bactérie Prevotella présente de manière naturelle dans notre microbiote. Cela pourrait expliquer le phénomène des faux négatifs, et les variations importantes de charge virale dans les résultats de plusieurs tests chez la même personne: le virus semble masqué par la bactérie. L’association avec la bactérie explique aussi pourquoi l’analyse des selles semble être la meilleure méthode de dépistage de la maladie, mais elle est aussi cohérente avec le faible taux de mortalité chez les enfants, la moindre mortalité des femmes, ainsi que le fait que l’on puisse tomber à nouveau malade même après une guérison.
Un autre aspect intéressant de la théorie concerne la prévention et le traitement de la maladie. Des antibiotiques mais aussi des probiotiques pourraient servir dans les traitements: antiviraux, antibactérien (antibiotiques visant en premier lieu la Prevotella), anticoagulants, médicaments permettant de réguler l’équilibre électrolytique du sang et probiotiques afin de créer une compétition bactérienne dans l’intestin et de réduire l’influence de la bactérie Prevotella.
L’intelligence artificielle aurait-elle pu repérer les données clés pour comprendre le génome du coronavirus? Selon Chakraborty  un problème se pose, et c’est la publication incomplète du génome de la part des chercheurs chinois. Le fait de ne pas avoir communiqué les séquences génétiques du virus mettant en lumière le rôle de la bactérie Prevotella poserait même  un problème géopolitique.

Une hypothèse non vérifiée, en concurrence avec la science

Il faut le dire clairement, il ne s’agit pas de la découverte de la théorie ultime, expliquant tous les mystère du COVID-19. Elle ne repose pour l’instant sur aucune publication scientifique, et même le travail de Chakraborty semble critiqué par ses pairs (5). Il n’est néanmoins pas question de balayer cette théorie du revers de la main.
Il s’agit d’une hypothèse intéressante, compatible avec les connaissances actuelles sur l’importance du microbiote dans les infections virales. Peut-être une première étape vers des travaux scientifiques plus approfondis, basés sur l’analyse des microbiotes de milliers de victimes, qui pourront vérifier ou infirmer l’importance de la bactérie Prevotella (1).

 Faut-il donc crier à la “Fake News” ?

En l'état actuel des connaissances, non. C'est une théorie ni vérifiée, ni censurée, qui peut simplement montrer la voie à d'autres projets de recherche. Cette approche ouverte et collaborative, qui se construit de façon transparente dans des "fils" Twitter, ne suit pas le modèle scientifique traditionnel, mais montre peut-être que la clé pour comprendre une pandémie mondiale n'est pas dans les comités d’experts, mais dans les conversations ouvertes sur les réseaux sociaux.
Le débat COVID-19 et Prevotella semble symboliser le dilemme que nous vivons dans cette crise: d’un côté, des experts trop sûrs d’eux qui rejettent les options qu’ils n’estiment pas, nourrissant ainsi la défiance des citoyens. Et d’un autre côté, les citoyens défiants se passionnent pour des théories et des penseurs alternatifs, sans forcément attendre les vérifications de rigueur.

L'intérêt de cette démarche collaborative rejoint la thèse initiale de Google d'utiliser internet et les outils collaboratifs pour améliorer la connaissance médicale.  Si ce travail s'avère fondé alors ce sera la preuve de la puissance du collectif pour atteindre un objectif.  Si ce travail s'avère infondé et une fake news, cela n'enlèvera pas la puissance de l'outil, mais démontrera d'autant plus la nécessité de la confiance qui est toujours un sujet sur internet.