Des chercheurs américains créent une nouvelle souche de coronavirus plus mortelle que le variant Omicron

Le 13 octobre 2022, des chercheurs américains de l'université de Boston et de Floride ont fait paraître les résultats de leurs expérimentations scientifiques dans le but de déterminer ce qui rend le variant BA.1 d'Omicron transmissible. Ces recherches financées par le National Institutes of Health (NIH) et le National Institute of Allegy and Infectious Diseases (NIAID), dont le directeur était à cette époque Antony Fauci, ont abouti à la création d'une nouvelle souche de coronavirus au taux de mortalité de 80% chez les souris humanisées.

La création d'une nouvelle souche de coronavirus

Le variant Omicron BA.1 du Sars-CoV-2 est celui qui a longtemps dominé dans le monde avant d'être remplacé par ses sous-lignages notamment BA.2 puis BA.4 et BA.5. Hautement transmissible, il est néanmoins peu létal comparé aux variants précédents (Alpha, Beta, Gamma et Delta).

Afin de déterminer ce qui rend Omicron si transmissible et d'obtenir des informations sur sa pathogénicité, les chercheurs ont créé "un Sars-CoV-2 recombinant chimérique codant avec le gène S d'Omicron dans le squelette d'un isolat ancestral de Sars-CoV-2". En d'autres termes, les chercheurs ont isolé la protéine Spike du variant BA.1 d'Omicron et l'ont combinée à la souche sauvage originale apparue à Wuhan qui a provoqué le début de l'épidémie. Ils ont ensuite contaminé des souris transgénique avec cette souche hybride, et ce, afin de comparer le nouveau virus créé en laboratoire avec le variant Omicron circulant naturellement. Ces souris transgéniques exprimaient le récepteur humain de l'enzyme de conversion de l'angiotensine I (ACE2 ou ECA2 en français) piloté par le promoteur du gène de la cytokératine-18 (K18) (K18-hACE2) comme modèle d'infection par le Sars-CoV-2.

"La protéine spike (S) d'Omicron, qui présente un nombre inhabituellement élevé de mutations, est considérée comme le principal moteur de ces phénotypes. Nous avons généré un SARS-CoV-2 recombinant chimérique codant pour le gène S d'Omicron dans le squelette d'un isolat ancestral de Sars-CoV-2 et avons comparé ce virus avec le variant Omicron circulant naturellement" peut-on lire dans l'étude en préprint qui n'a pas été examinée par des pairs. 

La souche créée en laboratoire provoque 80 % de mortalité chez les souris transgénique

Cette étude fournit des informations importantes sur la pathogénicité d'Omicron. En effet, si la protéine Spike est la protéine qui a le plus muté d'Omicron, l'étude révèle qu'elle joue un rôle incomplet dans l'atténuation d'Omicron et que le pouvoir pathogène du virus se trouve ailleurs dans le virus et non dans la Spike. 

"Chez les souris K18-hACE2, alors qu'Omicron provoque une infection légère et non mortelle, le virus porteur d'Omicron S inflige une maladie grave avec un taux de mortalité de 80 %. Cela indique que si l'échappement vaccinal d'Omicron est défini par des mutations dans S, les principaux déterminants de la pathogénicité virale résident en dehors de S", écrivent les chercheurs. 

Par conséquent, lorsque les chercheurs ont examiné le comportement des souris face à la nouvelle souche hybride par rapport au variant original Omicron, ils ont constaté que si la protéine Spike d'Omicron est responsable de l'infectivité, ce sont les modifications apportées à d'autres parties du virus en dehors de la protéine Spike qui sont responsables de son caractère létal. 

Dans l'étude, les chercheurs ont précisé que la nouvelle souche créée en laboratoire contient cinq fois plus de particules virales infectieuses que le variant BA.1 Omicron. Ces particules virales se répliquent "efficacement dans les lignées cellulaires et les cellules pulmonaires distales de type primaire", ce qui n'était pas le cas du variant BA.1 d'Omicron. Cette nouvelle souche est néanmoins beaucoup moins l'étale que la souche d'origine. 

Par ailleurs, ce nouveau coronavirus porteur de la protéine Spike d'Omicron "échapperait de manière robuste à l'immunité humorale induite par le vaccin, principalement en raison de mutations dans le motif de liaison au récepteur (RBM)". 

Selon les scientifiques, il est toutefois peu probable que leur virus chimérique soit aussi mortel chez l'homme qu'il l'a été chez les souris transgéniques, car la race spécifique utilisée pour les tests est plus sensible au Covid sévère.

La recherche de gain de fonction ?

Cette recherche correspond-elle à ce que l'on appelle un gain de fonction ? Si un Gain de Fonction désigne toute expérience ayant pour effet d'augmenter la dangerosité d'un pathogène pandémique potentiel, on peut répondre par l'affirmative. 

Entre 2014 et 2017, les États-Unis avaient posé un moratoire pour interdire aux chercheurs d'effectuer des recherches visant à rendre certains virus plus contagieux, plus dangereux, voire plus mortels, des expériences connues sous le nom de gain de fonction.

Ce moratoire a été levé le 27 décembre 2017 par le président Donald Trump dont le gouvernement a de nouveau alloué des financements à ce type de recherche. L'objectif officiel affiché des autorités politiques était d'évaluer les risques de virus plus dangereux, et ce, afin de se préparer à affronter de nouvelles épidémies. Si cette décision a réjoui certains scientifiques américains comme le directeur du NIH de l'époque Francis Collins qui avait déclaré que ce type de recherche permettrait "d'aider à identifier, comprendre et développer des stratégies et des réactions efficaces contre les agents pathogènes qui évoluent rapidement et constituent une menace pour la santé publique", d'autres l'ont considérée comme dangereuse en raison du risque d'échappement des laboratoires.

Trois ans après le début de l'épidémie de Covid-19, l'enquête sur les origines du Sars-CoV-2 en est au point mort. Si l'hypothèse première de la transmission de l'animal à l'homme est de moins en moins évoquée, l'échappement d'un laboratoire n'a à ce jour toujours pas été prouvé. Cependant, depuis bientôt deux ans, les soupçons se sont accumulés autour du laboratoire de Wuhan et de la société Ecohealth Alliance présidée par Peter Daszak et financé par Antony Fauci. Ces soupçons portent sur le gain de fonction des coronavirus venant de chauves-souris tandis qu'une étude émanant du laboratoire de virologie de Wuhan intitulé "Discovery of a rich pool of bat Sars-related coronaviruses provides new insights into the origin of Sars coronavirus" montre la recombinaison de gênes de différents coronavirus de chauve-souris avec un Sars apparenté pour créer un nouveau virus. Si Antony Fauci a nié devant le Congrès puis devant le Sénat américain la recherche de gain de fonction, le Dr Richard Ebright, un biologiste moléculaire de Rutgers, a confirmé qu'il s'agissait d'une recherche à haut risque qui correspondait à un gain de fonction. 

Que l'on puisse juger utile ou non cette nouvelle recherche des scientifiques américains sur les coronavirus, le risque que représente une expérimentation qui implique la création de nouveaux agents pathogènes potentiels de pandémie ne peut laisser indifférent un public qui a acquis par la force des choses une connaissance du danger que comporte ce type d'expérience scientifique.