Tout ce que l’on ne nous dit pas sur les tests PCR. "Epidémie de tests"

« Ce n’est pas une épidémie de covid-19 que nous vivons, mais une épidémie de tests » déclare le Dr Laurent Toubiana épidémiologiste.

Ces fameux tests PCR qui étaient absents en mars deviennent critiques en septembre au point d’engendrer des queues et des files d’attentes incroyables. L’IHU de Marseille a depuis le début de l’épidémie mis en place une politique sanitaire claire de dépistage afin d’identifier, d’isoler et de traiter les malades en tout début d’infection.  Dépister est donc essentiel.  Encore faut-il savoir que détecter et comment détecter ?

Qu’est-ce qu’un test PCR et comment fonctionne-t-il ?

Dans un article précédent, nous évoquions le fonctionnement et l’interprétation d’un test PCR

Un test PCR Covid négatif est à interpréter en fonction de la présence de symptômes ou pas :

• Si le patient est asymptomatique, il peut ne pas avoir été infecté, ou être au tout début de la phase d’incubation. Idéalement, il faudrait refaire un test PCR quelques jours plus tard.
• Si le patient est symptomatique, il faut alors faire un test PCR sur une expectoration ou sur le LBA (liquide broncho alvéolaire), car le virus migre rapidement des voies respiratoires hautes vers les poumons, idéalement doublé d’un scan thoracique pour confirmer le diagnostic.

La sensibilité d’un test PCR

Le CT est le « seuil de cycle » qui représente le nombre de cycles utilisé par la machine pour détecter l’ARN du virus. « Les techniques analytiques de RT-PCR permettent, pour certaines, de rendre un résultat numérique semi-quantitatif appelé Ct permettant d’estimer approximativement la charge virale. Cette valeur est généralement comprise entre 10 et 45 et est inversement proportionnelle à la charge virale : plus la valeur de Ct est élevée, plus la charge virale est faible. »

La SFM (société française de microbiologie) a émis un avis ce 25 septembre au sujet des tests suite à la saisine de la DGS (direction générale de la santé) en date du 11 septembre 2020. Le Directeur Général (Pr Jérôme SALOMON) et la conseillère médicale Dr Bernadette WORMS (cellule de gestion de crise sanitaire) de la DGS ont demandé à la SFM en lien avec le Centre National de Référence (CNR) des Virus respiratoires d’émettre un avis concernant l’interprétation de la valeur de Ct (cycle threshold, estimation de la charge virale) obtenue en cas de RT-PCR SARS-CoV-2 positive sur les prélèvements cliniques respiratoires réalisés à des fins diagnostiques ou de dépistage.

Que dit l’avis du 25 septembre de la SFM ?

Tout d’abord on peut noter que la SFM recommande de ne pas donner la valeur du CT aux médecins traitants. Ce qui déjà en soi est surprenant, puisque le médecin n’aura pas l’information de la précision de mesure du test utilisé.

En second lieu, on remarque l’interprétation des seuils en fonction du nombre de souches détectées.  En effet le test fonctionne en recherchant les diverses souches du virus.  Cela se traduit par la recommandation suivante :

• Seuls les tests PCR avec Ct inférieur ou égal à 33 (et que 3 cibles souches sont détectées) indiquent une « infection COVID »,
• Pour un CT supérieur à 33 indiquer « positif faible »,
• Pour un CT supérieur ou égal à 37 indiquer « Négatif »

Ne pas donner le CT au médecin, c’est un peu comme omettre le degré de sensibilité de recherche de la machine. Prenons un exemple avec une alarme de détection d’incendie, ce détecteur se déclenche en fonction de la température ou de diminution de l’intensité lumineuse.  Chacun pourra comprendre que le détecteur doit prendre en considération ces facteurs afin de déterminer s’il y a un risque d’incendie ou pas.  Si le seuil de déclenchement lié à la température est trop bas, il se peut que vous soyez alerté trop souvent. De même si le seuil de détection de baisse d’intensité lumineuse est trop sensible la fumée de cigarette pourrait déclencher l’alarme.  Il est donc nécessaire de connaitre les divers seuils pour détecter l’incendie.

En ne donnant pas le CT au médecin, on ne lui donne pas la métrique permettant d’évaluer la sensibilité du seuil et de mal évaluer le risque patient. En d’autres termes, si l’alarme incendie est trop sensible vous risquez de voir débarquer les pompiers trop souvent chez vous ou d’identifier des patients à risque alors qu’il n’y en a pas.

En l’occurrence en ce moment en ajustant la sensibilité des tests à un seuil trop élevé on peut identifier des cas qui ne sont pas vraiment malades.

La SFM est d’ailleurs très précautionneuse dans son rapport sur l’interprétation des tests

Comme tout résultat biologique, l’interprétation qui doit en être faite pour estimer le risque infectieux doit prendre en compte divers paramètres tels que :

• La symptomatologie présentée par le patient puisque la toux et les éternuements sont les symptômes majoritairement associés à un risque d’aérosolisation dans l’environnement ;
• La date de début des signes cliniques pour les patients symptomatiques ;
• Le statut immunitaire individuel et la présence de comorbidités ;
• Les conditions environnementales de l’individu (entourage familial, vie en collectivité, situation d’hospitalisation, prise en charge en EHPAD ...).

Et ajoute qu’il convient de limiter au maximum les analyses de RT-PCR SARS-CoV-2 itératives chez les individus ne présentant pas de formes graves et de privilégier les stratégies de levée d’isolement selon une approche clinique prenant en compte les délais de précautions recommandées.

La communauté scientifique internationale semble préconiser que seuls les PCR positifs avec un CT <30 doivent être pris en compte.

A l'heure actuelle en France avec le seul fixé à 40 ou 42, nous detectons donc des personnes non malades à grand coût puisqu'avec un million de tests par semaine coutant 70 euros chacun, nous gaspillons potentiellement 70 millions d'euros.