Elisabeth Bik, "la déceleuse de fraudes scientifiques" qui critique constamment Didier Raoult, est-elle au-dessus de tout soupçon ?

ENQUÊTE - Elisabeth Bik, « déceleuse de fraudes scientifiques » auto-proclamée, s’acharne depuis plus de trois ans à tenter de démontrer, principalement sur le site PubPeer, que de nombreux articles scientifiques issus de l’Institut hospitalo-universitaire Méditerranée Infection (IHU) sont fondés sur des falsifications ou des erreurs. Son attention s’est portée plus particulièrement sur les publications des professeurs Didier Raoult, Marc-Édouard Fournier, Philippe Gautret et Michel Drancourt, qui, pour certains d'entre eux, devant l’acharnement à leur encontre, ont porté plainte le 29 avril 2021 pour « harcèlement, tentative de chantage et d’extorsion ». 

Pourtant, en se penchant sur le parcours de celle qui se dit spécialisée en intégrité scientifique, on apprend que la fondatrice des blogs Microbiome Digest et Science Integrity Digest n'est pas nécessairement au-dessus de tout soupçon.

Au-delà des aspects scientifiques dont la fiabilité peut être remise en cause, Elisabeth Bik sert-elle d'autres intérêts ? Si oui, lesquels ?

Les accusations d’Elisabeth Bik sur PubPeer 

Elisabeth Bik a porté de très nombreuses accusations contre l’IHU-MI et les publications scientifiques des professeurs Raoult et Drancourt notamment. Cette « déceleuse de fraudes scientifiques » auto-proclamée, reproche aux chercheurs de l’IHU-MI des fraudes pour 246 articles épinglés sur le site PubPeer, une plateforme de post-publication sur laquelle ses utilisateurs (principalement anonymes) publient des commentaires sur des articles scientifiques déjà publiés dans les revues spécialisées. Devant l’acharnement à l’encontre de l’IHU-MI, le Pr Didier Raoult a demandé une investigation à l’université d’Aix-Marseille pour toutes les allégations portées par Elisabeth Bik.

Les accusations d’Elisabeth Bik sur les erreurs de Comité de Protection des Personnes (CPP)

Selon les chercheurs de l'IHU, parmi les nombreux reproches d’Elisabeth Bik publiés sur PubPeer, 70 % concernent « une potentielle absence ou une erreur de numérotation de Comité de Protection des Personnes », des reproches qui ne concernent pas le domaine de l’éthique, mais qui tiennent à la règlementation.

Cependant, les reproches d’Elisabeth Bik sur les CPP manquants ne sont pas valables pour la simple et bonne raison que le travail des chercheurs de l’IHU concernés par ses signalements, portait sur des déchets (excréments, poux) avec pour objectif de réaliser une analyse microbienne. Selon la loi française, demander un avis de CPP dans ce cas de figure n'est pas nécessaire. La raison à cela est simple : depuis l'apparition du droit romain, les déchets anonymisés n’appartiennent à personne. Par conséquent, les reproches d’Elisabeth Bik sont nuls et non avenus.

« En pratique les règles d’éthique sont régulées par la déclaration d’Helsinki et des lois nationales. Dans ces conditions, l’obtention de déchets anonymisés comme les matières fécales ou la collection de poux sur des vêtements avec pour finalité une analyse microbienne ne nécessite pas dans la loi française l’avis de comité d’éthique ou la demande de CPP, nous avions posé la question au comité d’éthique du CNRS. C’est le cas aussi pour les prélèvements issus de protocoles de soins dont l’utilisation des « fonds de tubes » anonymisés à des fins de recherche est autorisée, nous avons eu là aussi la confirmation écrite des autorités compétentes. Enfin, les missions de l’IHU autour du CNR des Rickettsia, Coxiella et Bartonella, ou bien autour des pèlerins, ou des sans-abris sont parfaitement encadrées d’un point de vue éthique. Cela signifie que déjà 70 % des demandes de Pubpeer sont totalement illicites », est-il écrit sur le site de l'IHU en réponse aux critiques de Mme Bik.

Les accusations d’Elisabeth Bik de démarche scientifique néo-coloniale à l’encontre des chercheurs de l’IHU

Elisabeth Bik, qui se présente comme une porte-parole de l'intégrité scientifique, respecte-t-elle pour autant les grands principes de l'éthique de la recherche qui reposent sur le respect des règles de déontologie des métiers de la recherche scientifique ? Si la déontologie se définit comme la mise en œuvre d'une démarche scientifique rigoureuse et intègre que les chercheurs se doivent d'appliquer en respectant l'éthique et les bonnes pratiques en matière de recherche, ainsi que la mise en place de procédures claires et connues, alors il est permis de douter du respect des règles de déontologie de la part d'Elisabeth Bik lorsque celle-ci, à pas moins de 22 reprises, a qualifié la recherche de l’IHU-MI de science néocoloniale. Des accusations qu'elle s'est manifestement empressée de retirer après avoir appris le dépôt de plainte de l'IHU-MI et des professeurs concernés le 29 avril 2021.

Madame Bik n'assumerait-elle plus ce qu'elle a écrit ? Quoi qu'il en soit, les scientifiques de l'IHU-MI ont pris soin de compiler ses propos, avant qu'elle ne les retire.

Avant/après.
Quelques jours après notre dépôt de plainte, Mme Bik supprime ses commentaires les plus insultants sur Pubpeer : la peur du gendarme...
Nous avons bien sûr conservé les preuves du harcèlement dont l'IHU a été l'objet à son initiative.https://t.co/M9GgOr9bG6 pic.twitter.com/d59itutcXs

— Didier Raoult (@raoult_didier) June 2, 2021

Si tout chercheur peut commenter et critiquer le travail d'autres chercheurs, il se doit néanmoins de porter la critique en conservant des normes éthiques applicables dans son champ disciplinaire. Or, à la lecture des commentaires d'Elisabeth Bik, on voit que les propos de cette dame dépassent largement l'examen scientifique. En choisissant le mot néo-colonialisme pour disqualifier le travail des chercheurs de l'IHU-MI, elle n'est plus dans le registre de la critique scientifique, mais dans celui de la diabolisation afin de faire perdre publiquement toute crédibilité à des ennemis désignés de manière arbitraire.

Pour saisir la gravité des accusations d'Elisabeth Bik à l'encontre des scientifiques de l'IHU, il faut relire la définition du mot néo-colonialisme, qui permet de comprendre ce que ce terme recouvre : « tentatives d'une ex-puissance coloniale de maintenir par des moyens détournés ou cachés la domination économique ou culturelle sur ses anciennes colonies après leur indépendance ». On apprend également que « le néo-colonialisme est principalement fondé sur des politiques commerciales, économiques et financières qui de facto permettent un contrôle des pays du tiers-monde (...) et que par extension, le terme est utilisé pour qualifier les politiques d'institutions financières internationales comme la Banque mondiale, le Fonds Monétaire Internationale ou le G8, qui, par leur choix d'accorder ou non des prêts ou des aides économiques, contraignent les pays pauvres à prendre des mesures structurelles qui accroissent la pauvreté tout en favorisant les intérêts financiers des pays riches et des multinationales ».

Comment Elisabeth Bik en est-elle arrivée à qualifier la démarche des scientifiques de l'IHU de science néocoloniale ("Neocolonial Science") ? Qu'avaient-ils fait pour mériter de tels qualificatifs ? À la lecture des critiques qui ont pu être conservées, on s'aperçoit que son principal reproche contre les scientifiques français et libanais qui ont conduit une recherche au Congo, est de ne pas avoir inclus un chercheur local dans leur projet. Chacun jugera de ces propos. Néanmoins, il est utile de rappeler que l'IHU-MI, depuis sa création en 2011, a accueilli plus de 1 000 chercheurs, doctorants et post-doctorants venus du continent africain. 

Par ailleurs, la politique de l'IHU et de ses chercheurs est de mettre toutes les recherches et les résultats de leurs travaux en accès libre, montrant par là que la connaissance est, pour eux, le patrimoine commun de toute l'humanité. Cette démarche, loin d'être pratiquée par tous les établissements scientifiques, est aussi une invitation à l'échange et à la discussion.

Enfin, comme chacun a pu le remarquer, dans le nom de l'institut, il y a le mot "Méditerranée", une mer qui borde plusieurs pays, plusieurs continents. De fait, le pôle d'expertise de ce centre, unique en Europe, s'inscrit très profondément dans l'histoire de la médecine de la ville de Marseille dont la géographie particulière, avec son port ouvert sur l'Afrique, en fait un lieu propice à l'entrée des virus. Tout cela ne pouvait que favoriser l'ouverture, la coopération et les partenariats entre les nations des continents européen et africain.

Elisabeth Bik accuse les scientifiques de l'IHU de manipulation d'images 

L'affaire concerne une publication intitulée Survival of Environmental Mycobacteria in Acanthamoeba polyphaga parue en septembre 2006 dans Applied and Environmental Microbiology. Les auteurs de cette publication sont Toïdi Adékambi, Skandar Ben Salah, Mohamed Khlif, Didier Raoult et Michel Drancourt.

Que reproche Elisabeth Bik à cette publication et à ses auteurs ? En mars 2021, soit 15 ans après la parution dudit article, Elisabeth Bik a écrit sur PubPeer qu'il y avait une réplication d'image d'un article plus ancien intitulé Amoebal Coculture of “Mycobacterium massiliense” sp. nov. from the Sputum of a Patient with Hemoptoic Pneumonia, paru en juin 2004 dans Journal of Clinical Microbiology et écrit par les mêmes auteurs. Les sujets des deux articles étaient proches, mais comportaient néanmoins certaines différences.

Selon les commentaires qu'Elisabeth Bik a laissés sur le site PubPeer :

« La photo de Mycobacterium massiliense semble ressembler partiellement à une photo de Mycobacterium massiliense de la Figure 1A dans un article plus ancien des mêmes auteurs, c'est-à-dire Toïdi Adékambi et al, dans Journal of Clinical Microbiology (2004). La photo de 2004 se superpose également à la figure 3 A de cet article (non montrée). Les expériences présentées dans les deux articles semblent légèrement différentes. L'article du JCM de 2004 décrit l'inoculation des amibes avec l'échantillon de crachat d'un patient. L'article de l'AEM de 2006 décrit que les amibes ont été inoculées avec des souches bactériennes. La souche de M. massiliense semble être le même isolat que celui décrit dans l'article de la JCM de 2004, mais ce n'est pas tout à fait la même chose d'inoculer des amibes avec des crachats de patients ou des souches isolées. En outre, la souche M. massiliense est décrite dans le tableau 1 comme provenant du liquide broncho-alvéolaire, alors que la photo de 2004 a été obtenue en incubant les amibes avec des expectorations ».

Ce qui frappe lorsqu'on examine les accusations d'Elisabeth Bik sur le site PubPeer, c'est l'absence de réponse, sur la même plateforme, de la part des auteurs dont les publications scientifiques ont été mises en cause. Pourtant, après les avoir questionnés à ce sujet, les chercheurs de l'IHU-MI ont certifié à FranceSoir que les scientifiques avaient répondu aux allégations d'Elisabeth Bik... Le site PubPeer semble donc avoir choisi de faire disparaître leurs réponses. 

Que contenait la contre-argumentation des scientifiques de l'IHU-MI ? Il s'agissait de répondre aux principales accusations en démontrant à l'aide du logiciel "Imagine J" que les deux publications ne contenaient pas les mêmes images. Au passage, comprenant que ses analyses d’images étaient réalisées avec des outils de qualité médiocre, certains chercheurs ont demandé à Elisabeth Bik et à PubPeer de préciser quel logiciel était utilisé pour examiner les images.

Leurs réponses et leurs questions ayant été censurées par le site PubPeer, FranceSoir qui a toujours été attaché au débat contradictoire, a décidé de les publier afin que toute personne intéressée puisse en prendre connaissance afin de se forger une opinion sur le sujet (accéder au document ici).

Élisabeth Bik contrôle l’activité de scientifiques de renommée internationale

Les chercheurs de l’IHU-MI n’ont pas été les seuls à être contrôlés par Elisabeth Bik. David Sabatini, chercheur en microbiologie, est reconnu pour ses contributions importantes dans le domaine de la signalisation cellulaire et du métabolisme du cancer. Sa découverte de mTOR, une protéine kinase, régulatrice de la croissance cellulaire et organique dérégulée dans le cancer, le diabète et le processus du vieillissement, a fait de lui un scientifique de premier plan.

Lui aussi a eu des contributions attaquées par Elisabeth Bik et le site PubPeer. Dans un tweet daté du 28 janvier 2020, David Sabatini s’est plaint notamment du harcèlement anonyme de certaines personnes qu’il soupçonne de ressentiment et qu’il qualifie de scientifiques mesquins et ratés.

An unequal fight: @CellCellPress, @NatureProtocols @MIT @WhiteheadInst @DMSabatini in one corner, Anolis Jacare and some crumbly biochemistry in the other... https://t.co/ixXpzKKd4P

— Boris Barbour (@BorisBarbour) December 17, 2017

La violence de certaines attaques, mais également l'anonymat, remet en cause les règles de probité et de responsabilités scientifiques qui exigent que tout homme ou femme de science se réfère aux différents principes universels que sont les principes d’honnêteté, de conduite responsable, et de bienséance.

Des principes auxquels Elisabeth Bik ne semble pas toujours se conformer, notamment lorsqu’elle n’hésite pas à sortir du champ de la science pour participer publiquement sur les réseaux sociaux à la destruction de la réputation d’un scientifique accusé de comportements sexuels abusifs.

Prominent biologist David Sabatini out at MIT after breaching sexual relationship policy
“Significant concerns” also found about behavior to lab members@meredithwadman reports for @ScienceInsider https://t.co/ZmMgDo2s0m

— Elisabeth Bik is not in Kansas anymore (@MicrobiomDigest) April 3, 2022

Quand madame Bik se faisait passer pour une victime

Si Elisabeth Bik n’hésite pas à émettre des critiques contre des scientifiques, elle a cependant beaucoup de mal à accepter les commentaires formulés par d'autres à son endroit ou ses actions. Souvent à court d’arguments, elle répond par l'inversion accusatoire, n’hésitant pas à accuser son interlocuteur de ce qu’elle-même lui a infligé par le passé. Ainsi, celle qui n’hésite pas à accuser sans vergogne des chercheurs renommés comme Didier Raoult en usant des arguments les plus surréalistes, se pose en victime lorsqu’elle affirme avoir dû faire face « à des vagues de harcèlement, avec des tentatives d’intimidation – particulièrement lorsqu’elle a critiqué la qualité des travaux sur l’hydroxychloroquine menés par le microbiologiste Didier Raoult. Depuis qu’elle s’est décerné le titre de « déceleuse de fraudes scientifiques », la pratique de l’inversion accusatoire est une arme qu’elle n’a eue de cesse d’utiliser.

Quand madame Bik exerçait un chantage sur les chercheurs de l’IHU

En novembre 2020, un échange révèle une tentative d’extorquer de l’argent à l’IHU de la part d’Elisabeth Bik qui laisse entendre dans son message qu’un apport financier de l’institut pourrait mettre un terme au harcèlement qu’elle exerce régulièrement par des publications sur PubPeer. En droit, cela s’appelle du chantage ; ce moyen de pression est puni par des peines d’amendes et d'emprisonnements. 

^{Échanges entre le Pr Chabrière et Elisabeth Bik qui laissent supposer l'existence d'un chantage}

Quelque temps avant, sur Twitter, une personne qui opère sous le pseudonyme VirusWar, avait fait remarquer qu’Elisabeth Bik avait modifié son CV pour en retirer une ligne qui contenait la liste de ses clients, des organismes privés ou publics à qui elle pouvait délivrer des avis ou des recommandations en tant que consultante (voir image ci-dessous). Ce retrait pouvait constituer une preuve de conflits d’intérêts et s’accordait mal avec son rôle de gardienne de l’intégrité de la science. À la découverte de ce tweet, celle qui a pris l’habitude de se victimiser en pratiquant l’inversion accusatoire, s’est dite « doxxée » (victime de divulgation de données personnelles) au motif que son adresse aurait été révélée...  adresse publiée sur son propre site, en accès libre. 

Par ailleurs, FranceSoir s’est procuré une lettre qui montre que Mme Bik n’hésite pas à écrire aux éditeurs scientifiques des lettres pour dénoncer les professeurs de l’IHU. Cependant, ces accusations mensongères destinées à porter atteinte à la réputation et à l’honneur de ces chercheurs ont fini par se retourner contre elle, puisque certains éditeurs, excédés par ses subterfuges diffamatoires, ont signalé en retour ses méfaits à l'institut.

Tous ces éléments pourraient inciter les autorités compétentes à enquêter sur Elisabeth Bik qui refuse toujours de publier les liens d’intérêts qu’elle entretient avec les institutions, les entreprises, les éditeurs scientifiques et s’expose, de ce fait, à des conflits d’intérêts. Or, afin de pouvoir évaluer les situations sensibles et éviter les conflits d’intérêts, tout chercheur ou médecin, se doit, comme le Code de la santé publique l’exige, de divulguer dans la base de données publique ses rémunérations et ses avantages en nature, une action indispensable pour chaque acteur du secteur de la santé afin de préserver la relation de confiance entre les citoyens, les usagers et les acteurs du système.

La collaboration avec les partenaires privés ne s’oppose pas à la publication scientifique. Cependant, dans tout article scientifique, il est obligatoire d’inscrire que ce partenariat n’interfère pas avec l’objectivité du travail de recherche accompli et avec la validité des résultats présentés.

L’évaluation de la recherche scientifique repose sur les pairs. Ce principe fondamental est également appliqué pour les expertises dans le cadre des soupçons de manquements à l’intégrité scientifique.

Les liens d’intérêts des pairs évaluateurs sont susceptibles d’introduire des biais positifs ou négatifs dans les avis qu’ils doivent rendre. En refusant de déclarer ses liens d’intérêts, Elisabeth Bik ne peut être considérée comme apte à évaluer une publication, et donc ne peut obtenir le statut de pair puisqu’il n’est pas possible d’évaluer les conflits d’intérêts potentiels qui pourraient venir contrarier l’objectivité de son évaluation.

PubPeer, un site de post-publication controversé

Genèse et fonctionnement du site PubPeer

Pour faire connaître les accusations de fraudes scientifiques, Elisabeth Bik utilise essentiellement le site Internet PubPeer. Ce « journal-club en ligne », comme il se décrit lui-même, se veut un forum de commentaires scientifiques sur des articles déjà publiés et revus par les pairs. Le principe : permettre à ses utilisateurs, pour la plupart anonymes, de signaler des lacunes ou des fraudes.

Pubpeer a été créé en 2012 de manière anonyme par Brandon Stell, un chercheur du CNRS qui n’a révélé sa véritable identité qu’en 2015. Ce dernier administre le site avec Boris Barbour, également attaché au CNRS.

Si les administrateurs justifient l’existence du site par le fait qu’il a permis de mettre à jour des lacunes dans plusieurs articles ou des fraudes scientifiques, plusieurs chercheurs s’inquiètent de possibles comportements diffamatoires, notamment en raison de l’anonymat de certains commentaires. Cet anonymat, les créateurs du site l'ont justifié en expliquant que la révélation de l’identité des personnes aurait un effet de dissuasion. Par ailleurs, ils s’abritent derrière le premier amendement de la Constitution des États-Unis qui protège le droit à la liberté d’expression anonyme.

Le site, loin de faire l’unanimité, a fait l’objet de sévères critiques de grands chercheurs dont plusieurs, à l’instar des deux créateurs, sont membres du CNRS.

L’affaire Catherine Jessus

Pour comprendre les pratiques de ce site, il faut examiner l’affaire de la biologiste Catherine Jessus. En 2018, Catherine Jessus, biologiste et directrice de recherche au CNRS, a fait l’objet « d’accusations de méconduites scientifiques » portées à son encontre par le site PubPeer. Catherine Jessus et les auteurs avec lesquels elle a travaillé étaient accusés « de manipulation des données dans 21 figures réparties sur onze articles ». 

Le 21 février 2018, sont parues les conclusions de la commission d’enquête du CNRS et de l'Université Pierre et Marie Curie, commission qui avait été diligentée pour enquêter et analyser l'existence d'un quelconque fondement à ces accusations. Après vérification de toutes les figures, la commission a conclu « n’avoir pas trouvé, dans les figures incriminées sur Internet, de fondement à une méconduite scientifique de Mme Jessus ». 

Par ailleurs, si la commission avait relevé quelques « erreurs d’assemblage de figure, et une publication qui comporte une atténuation de contaminants sur une figure », la commission a très clairement explicité que Mme Jessus n’était jamais « à l’origine de ces erreurs d’assemblage ni de cette atténuation, les co-auteurs ayant assemblé ces figures ayant été identifiés sans aucune ambiguïté ». 

Les pratiques de PubPeer ont largement été dénoncées (à partir de 38'55 de l'entretien radiophonique) notamment par le président du CNRS qui avait déclaré le 8 mars 2018 sur France Culture :

« Je suis pour ma part très choqué du principe de dénonciation anonyme qui permet à n’importe qui de porter un doute sur les travaux de n’importe qui […] Aujourd’hui, on est dans un système où des gens anonymes peuvent semer le doute sur des scientifiques qui a priori sont de renom en ne risquant rien. On pourrait me dire, il est normal de respecter les lanceurs d’alerte. Je crois qu’aujourd’hui, on pourrait dire aux gens : vous faites une accusation anonyme, on fait une enquête, mais si l’enquête montre que vos accusations sont infondées, votre nom sera dévoilé. (…) On ne peut pas se permettre de jeter la suspicion sur le travail des gens ».

L’affaire Anne Peyroche

Quelques années avant l’affaire Catherine Jessus, était sortie l’affaire Anne Peyroche, biologiste, présidente par intérim du CNRS. En octobre 2017, suite à des signalements sur PubPeer de manipulations d’images pour cinq publications scientifiques parues entre 2001 et 2012, le CEA, son organisme de tutelle, avait demandé à deux groupes d’experts d’évaluer les allégations de manipulations de figures dans les articles. Très affectée par le scandale, Anne Peyroche avait été admise à l’hôpital et n’avait de ce fait pas pu organiser sa défense médicale, qu’elle ne présenta qu’en 2019. Suite à ces accusations, elle est longuement revenue sur sa dépression et son stress post-traumatique, n’hésitant pas à parler de diffamation de la part de la presse.

Si le comité d’éthique a reproché à la scientifique des fautes déontologiques, ce qu’elle récuse, il n’a cependant jamais été question de fraude scientifique. À la lecture du rapport, les fautes reprochées concernaient des assemblages d’images qui auraient visé à embellir les résultats.

Cependant, le média Le Monde qui a repris tout le volet scientifique de l’affaire Peyroche a apporté un éclairage. Si des marques de méconduite scientifique ont bien existé, d’après le comité de déontologie et d’intégrité scientifique mis en place pour vérifier les allégations sur ses publications, aucune revue dans laquelle Anne Peyroche a publié, n’a cependant demandé la rétractation de ses articles. En outre, les conclusions de ses travaux scientifiques sur les protéasomes ont été approuvées à l’époque par les pairs et confirmés depuis, par de nouvelles recherches.

PubPeer, un site manifestement sujet à caution

Pour en apprendre plus sur PubPeer et son fonctionnement, nous avons écrit à M. Barbour à plusieurs reprises afin de lui demander des informations complémentaires sur la politique éditoriale du site et pour savoir s’il avait mis en place un contrôle qualité permettant de se prémunir d’éventuels trolls, et ce, afin de prévenir les commentaires qui relèvent plus du dénigrement ou des attaques ad hominem. Nous lui avons également demandé si les CVs des relecteurs étaient en adéquation avec la fonction "peer" (pair). À ce jour, à toutes ces questions, nous n'avons reçu aucune réponse. 

Par ailleurs, beaucoup d’inconnues demeurent dans la validation des commentaires et le signalement des conflits d’intérêts sur le site PubPeer. En effet, le professeur Chabrière, chercheur en biologie et en biotechnologie, attaché à l’IHU, avait signalé les problèmes de liens d’intérêts non déclarés sur les articles scientifiques du médecin Yazdan Yazdanpanah. Les commentaires du Pr Chabrière destinés à inciter ce médecin et le site à se mettre en règle en respectant les normes déontologiques, n’ont jamais été publiés sur PubPeer.

J'avais signalé il y a plusieurs mois les problème des liens d'intérêts de Yazdanpanah non déclarés sur pubpeer.
Jamais pubpeer ne les les a publié.@PubPeer un commentaire ?
Aucune crédibilité.

Faites le test. Déclarez les articles de Yazdan mentionnés sur pubpeer. https://t.co/tZxs47AZga

— Pr Chabriere (@EChabriere) April 2, 2021

Yazdan ne declare aucun lien dans tous ses articles. C'est inadmissible, il doit contacter les éditeurs pour faire les corrections.
FX Lescure a commencer sa redemption en faisant un erratum pour corriger ces liens d'intérêts.

Cacher sciemment ses liens est malhonnête. pic.twitter.com/boe5Mr8Njd

— Pr Chabriere (@EChabriere) December 19, 2020

Or, comme les liens d’intérêt peuvent susciter des conflits d’intérêts, un chercheur se doit impérativement de produire une déclaration publique des liens d’intérêt de toute nature dans chacune de ses publications, et ce, afin de lever les doutes sur l’existence de potentiels conflits d’intérêts.

Dans l’absence de mention des liens d’intérêts dans les publications, une vérification peut être effectuée en allant sur la plateforme Euro for Docs qui collecte les informations dispersées par l’industrie.

Or, une simple consultation (voir image ci-dessous) du profil du médecin Yazdan Yazdanpanah (dont l'identifiant unique est : 10002300571), permet de constater que des liens d’intérêt avec l’industrie pharmaceutique sont avérés. Il semble cependant que les informations sur Euro for Docs soient incomplètes et qu'il manque les déclarations de 2019 à 2021. Cette plateforme n'étant pas la seule à pouvoir renseigner sur les liens d'intérêts, la consultation de la base de données publique Transparence-Santé nous a permis de nous procurer les informations manquantes sur ce praticien hospitalier, et ce, afin de vérifier que des rémunérations et des avantages avaient bien existé pour la période qui s'étend de 2019 à 2021.

Par ailleurs, lorsque nous allons sur le site Pubpeer et que nous cherchons les noms des personnes qui évaluent les articles scientifiques publiés, nous constatons que, très souvent, celles et ceux qui laissent des commentaires sont soit anonymes, soit dénués des qualifications scientifiques qui les autoriseraient à effectuer un travail de vérification des données et des images. En effet, dans les disciplines scientifiques, l’évaluation par les pairs (ou peer review, selon l’expression anglosaxonne couramment utilisée) est un principe fondamental qui fait partie de la démarche scientifique : elle est le processus indispensable à la reconnaissance d'un nouveau résultat par l’ensemble de la communauté scientifique. Seul un nombre restreint d’experts, les pairs, sont admis à revoir le travail de recherche qui leur est soumis. Or PubPeer, qui porte mal son nom, est un site d’usurpation scientifique sur lequel n’importe qui peut donner son opinion, sans en avoir les qualifications, et s’autoriser ainsi à faire de la délation de manière anonyme. Qu’il puisse y avoir ici et là des scientifiques qui sont des pairs et qui font un véritable travail de vérification d’articles scientifiques, ne change rien au problème : une part importante des commentaires sur ce site tiennent plus de la calomnie que de la critique constructive. En France, toute personne a droit à la protection de la loi contre des diffamations infondées. De plus, la dénonciation calomnieuse injustifiée est un crime passible de cinq ans d’emprisonnement et de 45 000 euros d’amendes.

Elisabeth Bik pratique des activités de recherches sans CPP

Suite aux accusations portées par Elisabeth Bik à l'encontre des chercheurs de l'IHU à propos des Comités de Protection des Personnes (CPP), nous nous sommes penchés sur les activités de recherche de la biologiste.  

Les Comités de Protection des Personnes (CPP) ont pour mission de donner un avis motivé préalablement à toute recherche impliquant la personne humaine. Les avis émis par les CPP se font conformément à l'article L 1123-7 du Code de la Santé Publique (CSP). Quelle est la mission d'un avis par le CPP ? Il s'agit de s'assurer que la recherche est pertinente et que le rapport bénéfice / risque est favorable, avant que celle-ci ne soit engagée. 

À ce propos, deux articles scientifiques auxquels Elisabeth Bik a participé ont attiré notre attention. 

Le premier intitulé « Microbiome Assembly across Multiple Body Sites in Low-Birthweight Infants » a été publié le 29 octobre 2013. À la lecture des premières lignes de l’abstract, on comprend qu'il s'agit d'une recherche sur la personne humaine :  

« L'objectif de cette étude était d'évaluer la composition et la richesse des communautés bactériennes associées aux nourrissons de faible poids de naissance (LBW) en fonction du site corporel hôte, de l'individu et de l'âge. Les gènes de l'ARNr 16S des bactéries provenant d'échantillons de salive, d'écouvillons cutanés et de selles prélevés aux jours postnatals 8, 10, 12, 15, 18 et 21 chez six nourrissons de faible poids de naissance (cinq prématurés) ont été amplifiés, pyroséquencés et analysés dans un cadre comparatif comprenant des données analogues provenant de nourrissons de poids de naissance normal et d'adultes en bonne santé », écrivent les auteurs de l'étude. 

Par conséquent, il était nécessaire de soumettre ce projet de recherche sur l'être humain à un CPP pour avis. Or, il n’est mentionné nulle part dans l’étude que celle-ci a obtenu un CCP, une mention pourtant obligatoire. Par conséquent, il est possible que cette recherche ait fait l’objet d’une demande de CCP, mais, dans l’absence de mention de celle-ci, la question mérite d’être posée.

La même lacune se retrouve pour un article publié en 2007, intitulé : « Development of the Human Infant Intestinal Microbiota ». L'étude porte sur les origines possibles du microbiote des nourrissons. Pour effectuer leurs investigations, les chercheurs ont étudié les échantillons vaginaux et de lait des mères, ainsi que les échantillons de selles de toutes les mères, de la plupart des pères et de deux frères et sœurs.

À cette époque, les Comités de protection des personnes (CPP) n’existaient pas. Il s’agissait de Comité consultatif de protection des personnes dans la recherche biomédicale (CCPPRB), ancêtre du CPP. Au titre de l’article L209-12 du Code de la santé publique, qui était en vigueur à cette période, il était nécessaire de soumettre tout projet de recherche sur l'être humain à un CCPPRB pour avis, ce qui était obligatoire dans le cadre de cette recherche. Or, nulle part, il est inscrit que cette étude a obtenu un CCPPRB avant d'être entreprise. 

Quand Elisabeth Bik travaillait pour la société uBiome, aujourd’hui poursuivie pour abus de biens sociaux et fraudes scientifiques

En 2016, Elisabeth Bik intègre la start-up uBiome basée à San Francisco. Elle occupe la fonction de directrice scientifique et éditrice. 

En avril 2019, uBiome a fait l’objet d’une perquisition par le FBI pour pratiques douteuses de facturation de consommateurs à des assureurs. Les produits facturés étaient des tests de santé appelés SmartGut et SmartJane pour les personnes qui souhaitaient surveiller leur santé intestinale. L’analyse des activités de la société a révélé qu’uBiome facturait régulièrement deux fois les assurances des patients pour ces tests, en utilisant le même échantillon et sans les en informer. L’assureur Anthem avait signalé uBiome pour ses pratiques de surfacturation. Quant aux personnes qui ont révélé cela, elles ont témoigné de manière anonyme, car elles n’étaient pas autorisées à le faire par la société uBiome. Du point de vue scientifique, certains chercheurs qui n'ont pas révélé leur identité s'étaient déjà, à cette époque, montrés sceptiques quant à la fiabilité des tests censés fournir des informations sur le microbiome.

En 2021, l’affaire a connu un nouveau rebondissement : en réalité, l’affaire des tests dépassait largement les problèmes de surfacturation. Le 18 mars 2021, la publication de l'acte d'accusation a révélé toutes les malversations et les fraudes de la société. Ainsi, le grand public a pu prendre connaissance en détail de la stratégie commerciale frauduleuse d'uBiome et de ses dirigeants, Jessica Richman et Zachary Apte. En outre, le business des tests censé analyser des échantillons d’excréments pour détecter d’éventuelles maladies, se révélait être... une escroquerie scientifique.

Au départ, uBiome offrait un service direct aux consommateurs, appelé "Gut Explorer", qui permettait à une personne de soumettre un échantillon d'excréments que la société analysait en le séquençant dans son laboratoire afin de détecter certains dysfonctionnements et maladies chroniques, le tout pour environ 100 dollars. 

Après la mise sur le marché des tests sur le microbiome intestinal, les dirigeants ont peu à peu développé le modèle commercial d'uBiome pour y ajouter la commercialisation de tests "cliniques" concernant les microbiomes vaginaux. Ces tests étaient alors utilisés par des professionnels de santé pour prendre des décisions médicales. Par ailleurs, la start-up uBiome demandait un remboursement aux prestataires d'assurance maladie pour des montants pouvant aller jusqu'à 3 000 dollars. L'acte d'accusation précise que cette facturation très chère aux compagnies d'assurance, avait pour finalité d'attirer des investissements de capital-risque à grande échelle. Puis, les dirigeants de la société ont fait en sorte que la société décroche des commandes de fournisseurs de soins de santé pour son test intestinal et son test vaginal en demandant au médecin en chef de constituer un réseau de fournisseurs de soins de santé externes à uBiome. En d'autres termes, les anciens PDG ont fraudé les fournisseurs d'assurance maladie et les investisseurs dans le cadre de stratagèmes liés aux ventes de tests cliniques du microbiome intestinal et vaginal ainsi qu'aux levées de fonds. 

Cette stratégie financière qui avait séduit de nombreux investisseurs, avait permis à cette société de se classer parmi les 10 start-up les plus innovantes de l’année 2016. En effet, la société a levé plus de 100 millions de dollars de fonds de capital-risque auprès de sociétés telles que 8VC et Y Combinator. Or, d’après la Security Exchange Commission (SEC) qui régule et contrôle les marchés financiers, ces tests étaient basés sur une « imposture », la raison pour laquelle les deux cofondateurs de uBiome Jessica Richman et Zachary Apte ont été inculpés de plusieurs délits liés à l'exploitation de ces tests. La SEC a d'ailleurs porté plainte contre la sociéte uBiome et ses dirigeants.

Le 18 mars 2021, le grand jury fédéral a prononcé un acte d'accusation long de 33 pages qui inculpe Zachary Apte et Jessica Richman de plusieurs délits fédéraux, notamment de complot en vue de commettre une fraude en matière de valeurs mobilières, de complot en vue de commettre une fraude en matière de soins de santé, de blanchiment d'argent et d'infractions connexes, en rapport avec des stratagèmes présumés visant à escroquer des prestataires d'assurance maladie et des investisseurs pour lever des fonds pour la société de tests de microbiome uBiome, aujourd'hui en faillite. 

L’entreprise est aujourd’hui accusée d’avoir menti sur sa santé économique auprès des investisseurs et persuadé des médecins de prescrire des tests jugés inutiles.

L'annonce de l'acte d'accusation a été faite par Stephanie M. Hinds, procureur des États-Unis par intérim, Craig D. Fair, agent spécial responsable du Federal Bureau of Investigation, l'inspection postale des États-Unis, et le président de la Commission européenne, l'inspecteur en chef Rafael Nuñez du Service d'inspection postale des États-Unis (USPIS), l'agent spécial en chef Steven J. Ryan du Bureau de l'inspecteur général du Département de la santé et des services sociaux des États-Unis (HHS-OIG), l'agent spécial en chef Bryan D. Denny du Service d'enquête criminelle de la défense (DCIS) du bureau local de l'ouest, et l'agent spécial en chef du Département d'anciens combattants des États-Unis (U.S. Department of Veterans Affairs, Office of the Veterans Affairs).

Comme l'indique explicitement le communiqué de presse du ministère de la Justice (voir le graphique ci-dessous), ces accusations peuvent donner lieu à de lourdes peines de prison.

Lors de la perquisition d'uBiome, Elisabeth Bik n’était pas présente pour la simple et bonne raison qu’elle avait quitté la société en 2018. Les actes d'accusation n'ont retenu que la responsabilité des dirigeants de la startup. On peut cependant être étonné que celle qui occupait le poste de directrice scientifique n'ait pas été mise en cause, alors qu'elle travaillait pour uBiome au moment où s'opéraient ces fraudes à grande échelle. En effet, le rôle d'un directeur scientifique est d'encadrer, de structurer et de valider les recherches de l'équipe. C'est donc un poste à haute responsabilité. Par conséquent, il paraît étrange qu'à ce titre, Elisabeth Bik n'ait pas fait l'objet de poursuites. Y a-t-il eu un deal ? Une question qui se pose, mais n'a pas encore trouvé de réponse. 

Par ailleurs, un article scientifique, dont la chercheuse Elisabeth Bik est co-auteur, est paru dans le journal Plos One en 2017. Intitulé "16S rRNA gene sequencing and healthy reference ranges for 28 clinically relevant microbial taxa from the human gut microbiome", il est désormais signalé comme préoccupant depuis que l’enquête du journal Plos One a révélé que des doutes subsistaient par rapport à certains des échantillons mentionnés dans l'article. En effet, l'expérimentation menée ne pourrait pas permettre de déterminer une base de référence saine du microbiome intestinal humain, puisque certains échantillons pourraient provenir de nourrissons, de personnes ayant récemment pris des antibiotiques ou encore d'animaux domestiques.

Les rédacteurs de la revue Plos One, éditeur de l'article, ont fait connaître leurs préoccupations afin d'informer les lecteurs « d'une possible origine non humaine de l'un des échantillons » inclus dans l'étude, ainsi que des « limites de conception de l'étude pour ce qui est de tirer des conclusions sur les niveaux cliniquement permanents de taxons et du fait que les voies permettant de demander l'accès aux données restreintes ne semblaient pas être fonctionnelles au moment de la préparation de cet avis ».

Selon un article du site d'informations américain Business Insider publié en août 2019, Mme Bik aurait initialement fait part de ses préoccupations concernant les recherches d'uBiome à ses dirigeants. Toujours selon le site, elle leur aurait expliqué que l'ensemble des données de la publication scientifique contenait probablement des erreurs. Des erreurs dues à des échantillons de selles de nourrissons ainsi que des excréments d'animaux de compagnie inclus dans l'expérimentation. Des erreurs qui n'étaient pas sans conséquence puisque cela aurait pu avoir faussé les résultats du test clinique que la société développait, vendu plus tard sous le nom de SmartGut. Si elle a déclaré avoir fait part aux dirigeants d’uBiome de ses inquiétudes quant à l'exactitude de certaines données, elle a également affirmé que ces derniers n'en auraient pas tenu compte alors que l'article était déjà soumis à Plos One pour publication.

À la lecture de ces déclarations, on peut remarquer que les inquiétudes de l'ancienne directrice scientifique d'uBiome, cosignataire de cet article, sont venues très tard. Cependant, quoique l'on puisse penser de la véracité de ces justifications tardives, on peut tout de même noter que c’est en 2017 qu'Elisabeth Bik a participé aux recherches et à la rédaction de cette publication scientifique qui pose question. Par conséquent, on peut en déduire qu'à l'époque où elle a accepté de collaborer, elle n'a pas su déceler les problèmes que contenaient les travaux auxquels elle était associée. Ce manque de réactivité et de discernement étonne, surtout si on le compare à la vitesse à laquelle elle réagit aux articles de certains grands scientifiques et à l'acharnement qu'elle met à chasser les nombreuses fraudes qu'elle repère ou croit avoir repérées. 

Elisabeth Bik procède à des vérifications scientifiques pour déceler d'éventuelles fraudes. Elle s'attache manifestement à défaire les réputations de grands chercheurs. Toute la question est de savoir qui vérifie la véracité des multiples allégations d'Elisabeth Bik. Qu'est-ce qui permet de dire que les affirmations d'Elisabeth Bik sont vraies ? Le simple fait d'affirmer une fraude ne suffit pas, car pour que la fraude soit avérée, il faut que d'autres personnes vérifient et confirment ladite fraude. 

Par ailleurs, tous ces éléments pourraient inciter les autorités compétentes de régulation à enquêter sur les activités d'Elisabeth Bik et sur les fondateurs du site PubPeer afin de vérifier si leur jugement n’a pas été indûment influencé par un intérêt sous-jacent. Ce travail d’investigation sur les possibles conflits d’intérêts de ces personnes paraît d’autant plus nécessaire que jeter l’opprobre sur un chercheur, c’est in fine décrédibiliser la science elle-même.