Histoire du COVID-19 – chapitre 6 - Partie 4 : Le pangolin - témoin et victime de la genèse de l'épidémie en Chine – n'est pas l'hôte intermédiaire

Retrouvez la partie 1 , la partie 2, la partie 3 

En avant-propos nous devons attirer l'attention sur l'annonce faite le 7 février 2020 que le pangolin était « l'hôte intermédiaire ». Elle a eu lieu deux semaines à peine après la révélation officielle de l'épidémie par l'OMS. Cet empressement, totalement infondé, n'est pas compatible avec le temps scientifique. Il s'agissait d'un temps de communication médiatique avec tout ce que cela implique comme erreur, cafouillage, absence de vérification, et surtout absence de réflexion et de recul ce qui a finalement desservit le droit du public à une information vraie. Il avait fallu des mois d'enquête rigoureuse pour établir que la civette palmiste avait été l'hôte intermédiaire dans l'épidémie de SARS de 2002-2003. Seconde différence de taille avec les civettes palmistes élevées dans des centaines de fermes en Chine, le pangolin est un animal sauvage, rare en voie d'extinction. Il est introduit en Chine depuis le Vietnam par des contrebandiers en connexion avec des receleurs et des vendeurs sur les marchés aux animaux sauvages. Il est donc de ce fait totalement illogique d'en faire a priori l'animal-hôte intermédiaire. On ne sait même pas si parmi les 70 échantillons d'animaux prélevés sur le marché du Huanan à Wuhan se trouvait le pangolin. Comme nous allons le voir, le pangolin est en fait un témoin précieux de ce qui a pu se passer.

Dans leur annonce du 7 février, les deux chercheurs de la South China Agricultural University à Guangzhou ont affirmé que la séquence du génome d'un betacoronavirus extrait d'un pangolin était 99% « similaire » à celle du SARS-Cov2. En parlant d'un degré de similarité au lieu d'identité ils biaisent la réalité de l'annonce car cette imprécision laisse planer un doute sur la signification de similaire. Le degré exact d'identité de séquence de 90,1 % au niveau du génome complet fait du virus du pangolin le deuxième virus le plus proche du SARS-Cov2 derrière le RatG13 (96,2%). Cependant, au niveau des protéines transcrites par les gènes, l'identité globale monte à 96% et même entre 98 et 100% pour les protéines structurales, à l'exception de la protéine de pénétration S (90,2%). Ces caractéristiques le rapprochent énormément du SARS-Cov2. Comment se fait-il alors, qu'à l'exception de la protéine S, il soit moins proche du SARS-Cov2 que le RaTG13 qui est plus éloigné dans le temps ? Il s'agit là d'un vrai paradoxe évolutif.

D'animal de contrebande au statut d'hôte intermédiaire dans la genèse de l'épidémie

Malheureusement pour eux et pour notre planète, les pangolins sont une espèce animale victime du snobisme culinaire chinois comme quelques autres espèces en voie d'extinction.  L'odyssée médiatique de ces pauvres pangolins a commencé le 24 mars 2019, lorsque 21 pangolins javanais (Manis javanica) ont été saisis dans une opération des douanes chinoises, puis transférés malades vers le centre de sauvetage des animaux sauvages de Guangdong. Les premiers indices rassemblés par les agents des douanes suggèrent qu'ils avaient été introduits en contrebande à partir du Vietnam, à travers les zones frontalières non douanières de Dongxing. Ils ont ensuite été transportés par voie terrestre vers le Guangdong et d'autres lieux pour les livrer au receleur à des fins de vente. Trois suspects ont été arrêtés sur les lieux, 10 pangolins vivants [NDA, 11 les autres pangolins vivants ont été saisis sur le lieu de recel probablement], 5 pangolins congelés, 3 750 grammes d'écailles de pangolin, 4 aigles vivants, 9 pattes d'ours congelées et d'autres animaux protégés et leurs produits ont été saisis, le réseau de contrebande a été démantelé (source: Legal Daily-Legal Network, 27 mars 2019). A noter que d'autres saisies plus anciennes, recouvrant 19 pangolins, avaient été réalisées entre juillet 2017 et janvier 2018 par les douanes de Guangxi, province du sud de la Chine à la frontière du Vietnam.

Il y avait des pangolins adultes et adolescents. Leur état de santé était très dégradé. Leurs corps étaient recouverts d'éruptions cutanées et seize sont morts après des soins intensifs. L'autopsie de la plupart des pangolins morts a révélé que leurs poumons étaient enflés, contenaient un liquide écumeux et présentaient des symptômes de fibrose pulmonaire. Certains présentaient une hépatomégalie et une splénomégalie. 21 échantillons d'organes des poumons, du système lymphatique et de la rate, présentant des symptômes évidents, ont été prélevés chez 11 pangolins décédés pour découvrir les virus impliqués.

Vraisemblablement les pangolins ont été infectés par les trafiquants

L'étude méta-génomique des échantillons prélevés sur ces pangolins avait conduit Ping Liu et al. à publier en septembre 2019 la reconstruction de 68 séquences contiguës distinctes partageant des similarités avec de nombreux virus connus. Parmi eux se trouvaient des virus Sendaï et des coronavirus, dont la plupart étaient des coronavirus à SARS. Les auteurs de l'étude concluent que les pangolins, dont la majorité des échantillons étudiés contenaient le virus Sendaï d'origine humaine, étaient morts d'un syndrome respiratoire dû à ce virus.

Par la suite, en 2020, dans une autre étude approfondies, parue dans Plos Pathogène, ils ont publié la séquence extraite, la plus proche du SaRS-Cov2, appelée pangolin-CoV-2020 consensus. Cette séquence combine en fait 3 séquences quasi-complètes (obtenues de 3 pangolins malades différents) avec plus de 99.5% d'identité entre elles. Au niveau du génome complet elle partage 90,3% d'identité de séquence avec le SARS-Cov2 et 90,5% avec le RaTG13. Le virus pangolin-CoV-2020, aussi appelé GD-pangolin-Cov, est donc autant éloigné des deux virus les plus proches de lui. Cependant, le RaTG13 est éloigné dans le temps de 7 ans par rapport au SARS-Cov2 alors que celui du pangolin que de 6 à 9 mois. Ce qui se reflète dans le fait que, de façon très intrigante, le domaine de liaison au récepteur ACE2 de la protéine S du virus du pangolin est à 96,8% identique à celui du SARS-Cov2 (et partage 4 des 5 acides aminés clés pour la liaison) alors que celui du virus RaTG13, en théorie plus proche, n'est identique qu'à 89,6%. Cela veut dire que le virus du pangolin était en fait plus adapté à l'homme du point de vue du pouvoir de pénétration cellulaire. Alors pourquoi son génome est-il plus éloigné globalement du SARS-Cov2 que celui du RaTG13 ? Nous nageons ici dans un paradoxe.

La conclusion générale des auteurs est que le pangolin est un hôte naturel pour les coronavirus et que le SARS-Cov2 est le résultat de recombinaisons multiples dans une grande variété de chauves-souris et d'autres animaux sauvages. Cela peut paraître infondé car, au contraire de l'épidémie de 2003 où les anticorps spécifique au SARS avait été retrouvés dans un grand nombre de civettes d'élevage, on ne peut exclure que les pangolins aient été infectés par les contrebandiers chinois eux-mêmes. Les pangolins sont des animaux sauvages solitaires qui n'ont pas de contact avec les chauves-souris. Par contre, la logique nous dit que les contrebandiers, les receleurs et les vendeurs sur les marchés forment un microcosme où doivent tourner de nombreux virus, comme le virus Sendaï qui affecte également les rongeurs, ou bien également des coronavirus de chauve-souris puisqu'ils en font le trafic. Ce microcosme homme-animal sauvage de contrebande et autres animaux semi-sauvages de marchés, vivant en promiscuité plus ou moins insalubre, forme un résonateur d'évolution rapide par recombinaisons de virus. Les virus peuvent s'échanger constamment entre différentes espèces animales et l'homme. Il n'est pas  inconcevable dans ces circonstances que des virus pré-pandémiques, non détectés, peuvent incuber pendant des mois et des années dans ce milieu. Les pangolins qui sont arrivés au centre de secours de Guangdong sont quasiment tous morts, soit directement dans les jours suivant leur arrivée (16 pangolins) soit quelques temps après, malgré des efforts considérable pour les sauver. Le quotidien chinois Southern Metropolis Daily titre le 20 avril 2019 : « Un autre vient de mourir. Il n’en reste plus que quatre en vie et ils ont un besoin urgent de l'aide d'experts ! »

Il est donc peu vraisemblable que tous ces pangolins sauvages aient pu si soudainement mourir en même temps d'un coronavirus endogène à leur espèce dont ils seraient une sorte de réservoir parallèle... La seule explication c'est qu'ils ont été contaminés par les contrebandiers et que le virus était tellement nouveau pour eux (de même que le Sendaï virus qui crée un syndrome respiratoire) qu'ils en sont morts. La prévalence des anticorps associés à des coronavirus à SARS chez les trafiquants d'animaux sauvage a été clairement établie en 2003 par le Centre de Contrôle des maladies du Guangdong. Des études séro-épidémiologiques faite à cette époque ont révélé que le SARS-CoV n’avait pas circulé significativement dans la population humaine avant 2002. Par contre, on trouvait des individus séropositifs avant cette période parmi des travailleurs des marchés d’animaux sauvages, documentant encore le risque de transmission à l’homme.

Il n'y a aucune raison que cette réalité ait pu changer depuis 2003, bien au contraire. Il s'agit là d'un phénomène bien connu des épidémiologistes. D'ailleurs, Ping Liu et al. sont obligés de le reconnaître à demi-mots lorsqu'ils rajoutent dans leur conclusions qu'il n'est pas clair si le coronavirus identifié est une « flore virale commune aux voies respiratoires des pangolins » et que « la genèse pathogénique de ce coronavirus chez les pangolin restent à élucider ». Nous sommes désolés de le dire mais il s'agit là encore d'une contorsion sémantique destinée à ne pas admettre directement que des sous-lignées du SARS-Cov2, peu pathogènes, circulaient chez les contrebandiers chinois déjà au début de 2019.

L'hypothèse de recombinaisons de virus dans la région du RBD est imprécise et peu solide

Ping Liu continue ensuite ses « imprécisions » en affirmant que leur analyse de recombinaison montre que la protéine S du virus pangolin-CoV-2020 peut se reconstruire à partir de fragments de séquence du virus  Bat-CoV-ZC45 ou Bat-CoV-ZXC21 et de  fragments de RaTG13. Ce que Ping Liu et al. qualifient d'analyse de recombinaison n'est ni plus ni moins qu'une analyse visuelle à partir des alignements de séquences. Et malgré notre bonne volonté nous ne voyons qu'un seul endroit de recombinaison possible entre les 5 coronavirus. Il s'agirait d'une recombinaison entre le pangolin-Cov2-2002 et le RaTG13 au niveau du motif de liaison au récepteur ACE2 (RBM) dans le domaine de liaison (RBD).

Nous pensons qu'il n'est visiblement pas prouvé que par recombinaisons naturelles la protéine S du SARS-Cov2 puisse être reconstruite à partir de fragments des virus Bat-CoV-ZC45 ou Bat-CoV-ZXC21 et de  fragments de RaTG13. Si un généticien veut répondre à France Soir sur ce point ou sur d'autres points que nous avons analysés dans ce chapitre nous l'invitons à le faire.

Nous nous demandons comment une telle affirmation, non fondée, peut être publiée dans un journal du calibre de PLOS Pathogens. Elle peut s'expliquer par le désir des auteurs et de l'éditeur de prévenir la théorie complotiste d'une manipulation spécifique au niveau du RBD du virus RaTG13, ou d'un autre virus très voisin, avec échange de RBM. Les échanges de RBD entre coronavirus pour tester leur infectiosité ont été couramment pratiqués ces 10-15 dernières années, en particulier par Shi Zheng Li depuis 2007. La première expérience de ce genre remonterait à une vingtaine d'années à l'Université d'Utrecht aux Pays-Bas. Ces expériences démontrent que l'on peut ainsi échanger le tropisme d'espèce entre virus, c'est-à-dire leur faire franchir la barrière des espèces.

On peut se demander s'ils ne cherchent pas à devancer et prévenir toute idée que les virus séquencés par les chercheurs, affiliés à l'armée populaire chinoise, puissent avoir été utilisés dans des manipulations à gain de fonction. Nous ne pensons absolument pas cela mais c'est dire le problème sous-jacent de crédibilité de la Chine. Notons à ce sujet, en a parte, que le gouvernement chinois subi une telle pression internationale sur la question de l'origine de l'épidémie qu'il ne peut s'empêcher d'utiliser les techniques de désinformation les plus grossières, telle que cette déclaration faite le 20 novembre par le porte-parole du ministre des affaires étrangères chinois sous entendant que l'émergence du virus pouvait impliquer plusieurs nations. Cette déclaration tendancieuse fait suite à la parution dans le journal Tumori de patients cancéreux italiens positifs aux anticorps spécifiques du SARS-Cov2 dès septembre 2019 (voir partie 3 du chapitre).

Mais revenons aux recombinaisons virales. A l'évidence, la seule recombinaison possible au niveau de la protéine S, entre tous ces virus, qui a pu avoir lieu est celle entre le pangolin-Cov-2020 et le RaTG13. Cette information conforte l'idée que des virus précurseurs du SARS-Cov2 circulaient à bas bruit entre les hommes et les animaux dans le microcosme des marchés aux animaux sauvages. De quel coronavirus le RBM de la protéine S du pangolin provient-il ? Cela reste une question centrale à résoudre car sur l'intégralité de sa longueur, soit 72 acides aminés (résidus 435 à 506), le RBM du virus des pangolins est 98,6% identique au SARS-Cov2, avec un seule mutation H496Q (l'acide aminé histidine H échangé avec l'acide aminé glutamine Q à la position 496 critique pour la liaison). En fait, on serait tenté de dire qu'il est 100% identique car, sur le plan des interactions physico-chimiques impliquées, l'histidine et le glutamine sont très proches et souvent interchangeables. De ce fait, la mutation H496Q peut se produire par hasard sans que cela induise un modification réelle de l'affinité du RBM pour l'ACE2. Tout cela est d'autant plus étrange que le RBM du virus GD-pangolin-Cov à 14% de différence avec le RBM du RaTG13 qui, par ailleurs, est un virus globalement plus proche du SARS-Cov2. Cela contredit les lois de l'évolution à tout point de vue. D'abord, comment le virus du pangolin pourrait-il être le résultat d'une recombinaison en 2018-2919 avec un virus de 2013 ? Ensuite, s'il était une recombinaison avec un virus descendant du RaTG13, ne devrait-il pas être plus proche du SARS-Cov2 que le RaTG13 sur l'ensemble de son génome ?

C'est ce paradoxe qui a conduit les généticiens à faire l'hypothèse quelque peu délicate que le RBM du pangolin aurait convergé par pression évolutive de façon optimale séparément en même temps dans le pangolin et l'homme. Une séquence de 72 acides aminés aurait donc convergé quasi-exactement et simultanément chez 2 hôtes aussi distincts que le pangolin et l'être humain. Cela est à notre avis extrêmement improbable, en tout cas considérablement moins probable que l'hypothèse scientifique alternative que les pangolins aient pu être infectés par l'homme avec un coronavirus apparenté au SARS-Cov2, d'une façon que nous ne comprenons pas (voir section suivante sur l'article d'Alina Chan et al.). 

Pour finir, dans le registre contre toute idée d'une possible manipulation de virus, Liu et al. ajoutent également qu'un coronavirus RmYN02 à 93,3% identique au SARS-Cov2 a été identifié à partir d'échantillons provenant de 227 chauve-souris capturées, entre mai et octobre 2019, au cours d'une énième campagne dans le Yunnan. Le virus RmYN02 a la particularité de présenter une insertion multiple à la jonction entre les sous unités S1 et S2 de la protéine S, sans toutefois que cette insertion corresponde, comme dans le cas du SARS-Cov2, au site de clivage de la furine. La présence de ce site de clivage à un endroit qui renforcerait le pouvoir de pénétration du SARS-Cov2 est considéré par certains comme une preuve de manipulation. Nous étudierons ce problème au prochain chapitre.

Le mystère du RBM du GD-pangolin-Cov est renforcé par le GX-pangolin-Cov

Une seconde analyse par Tsan-Yuk Lam et al. a eu lieu également entre janvier et février 2020 sur 25 échantillons provenant de 18 autres pangolins saisis par les douanes de Guangxi. Il n'est pas précisé l'état de santé de ces pangolins lors de leur saisie, mais il est probable qu'ils aient été également transférés dans un centre de protection de la faune sauvage. Cependant, malgré un durée de vie pouvant atteindre 13 ans, ces pangolins sont tous morts et les échantillons ont été conservés par l'Université de Guangxi avant d'être envoyés pour analyse, en janvier 2020, à Tsan-Yuk Lam et al. Ces derniers ont extrait au total 6 génomes quasi complets de coronavirus qui partageaient entre 85.5% et 92.4% de similarité de séquences avec le SARS-CoV-2. Le génome le plus proche a donné le jour à un second coronavirus consensus appelé le GX-pangolin-Cov. Il se retrouve logiquement être le 3^ème coronavirus le plus proche du SARS-Cov2, derrière le RaTG13 et pangolin-Cov-2020 (GD-pangolin-Cov) avec 84% d'identité de séquence avec le SARS-Cov2.

Lam et al. ne précise pas l'identité de séquence globale entre les virus extraits des pangolins saisis en 2017 et ceux saisis en 2019, mais elle se trouve autour de 94%. Cela est gênant par ce qu'à 15 mois d'intervalle un virus endogène au pangolin n'aurait pas pu changer autant. La composition en acide aminés (aa) du domaine de liaison au récepteur ACE2 est à 89,2 % identique (21 aa diffèrent sur les 194 que compte le RBD) entre ces deux virus. Mais 86 % des mutations (18) se situent au niveau des 72 aa de la partie du domaine impliqué directement dans la liaison (RBM). Autre fait de première importance, l'analyse des mutations dans le RBM montre que 9 des 10 aa de contact avec l'ACE2, sans être critique pour la  liaison avec l'ACE2, restent identiques entre les 2 virus. Par contre, 4 des 5 aa qui jouent un rôle critique dans la liaison ne correspondent pas. Cela est tout à fait étonnant et indiquerait que le RBM aurait muté en 15 mois chez les pangolins pour résulter dans un RBM 98,6% identique à celui du SARS-Cov2 humain. Cela implique soit un taux de mutation non synonyme sur cette section du génome tout à fait hallucinant (impossible à obtenir en l'absence d'un forçage comme celui décrit au chapitre 2) soit une recombinaison aléatoire favorable du RBM tout à fait exceptionnelle puisqu'elle correspondrait à un virus quasi  optimal pour l'être humain.